To, co definiuje współczesny obraz klasztoru pobenedyktyńskiego na Świętym Krzyżu i jego miejsca w krajobrazie religijnym i kulturowym regionu, jest nadal w żywy sposób powiązane z decyzją rosyjskiego zaborcy o kasacie klasztoru sprzed 200 lat i jej konsekwencjami. Te zmieniające się w ciągu dwóch ostatnich stuleci losy opactwa, z jednej strony traumatyczne i tragiczne, likwidacja konwentu, dewastacja budynków klasztornych, utrata archiwum, utensyliów, paramentów, naczyń liturgicznych, skarbca i biblioteki, zamiana budynków na funkcje więzienne, świeckie, z drugiej ożywcze i dające nadzieję na dalsze funkcjonowanie manifestacje patriotyczne w okresie narodowej irredenty, sprowadzenie oo. Misjonarzy Oblatów MN, dzisiejszych gospodarzy miejsca i powolna odbudowa prestiżu klasztoru, to tematyka wielowątkowa i godna stałego przypominania.

Przełomowym momentem w dziejach opactwa benedyktynów łysogórskich na Świętym Krzyżu, najstarszego sanktuarium na ziemiach polskich ufundowanego przez księcia Bolesław Krzywoustego oraz komesa Wojsława z rodu Powałów w 30-tych latach XII w. ale także niezbędnym do zrozumienia jego dalszych losów aż do dnia dzisiejszego jest moment kasaty klasztoru w 1819 roku. Jej konsekwencjami były: utrata biblioteki, największej w Polsce średniowiecznej, przechowującej bezcenne zabytki o wartości ogólnonarodowej Kazania świętokrzyskie, Rocznik świętokrzyski dawny, zbiór Pieśni łysogórskich, w tym słynny Lament świętokrzyski; rozproszenie sprzętów klasztornych; dywersyfikacja majątku i utrata części budynków z zamianą ich funkcji na cele świeckie, niegdyś więzienne dziś muzealne; ogólna dewastacja budynków i próba laicyzacji miejsca w czasach PRL.

Do kasaty doszło z inicjatywy władz utworzonego po Kongresie Wiedeńskim Królestwa Polskiego, a konkretnie kierownictwa jednego z pięciu ówczesnych ministerstw o nazwie Komisja  Rządowa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, kierowanego przez Stanisława Kostkę Potockiego, arystokraty, członka polskiej loży masońskiej sprawującego funkcję Wielkiego Mistrza, ogarniętego ideałami oświeceniowymi i józefinizmem. Potocki w porozumieniu z ambasadorem rosyjskim w Rzymie Andrzejem Jakowlewiczem Italińskim, któremu przesyłał informacje o stanie diecezji i zakonów w Królestwie Polskim, i w wyniku negocjacji Rosji z Watykanem, doprowadził do zgody pap. Piusa VII bullą Ex imposita nobis z 30 czerwca 1818 roku na skasowanie kilku domów zakonnych w Królestwie Polskim (fragment Bulli niżej w Aneksie). Wykonawcą decyzji papieskiej był bp włocławski Franciszek Skarbek-Malczewski, późniejszy abp warszawski i Prymas Królestwa Polskiego. Z inspiracji Potockiego wymuszono podpisanie Dekretu kasacyjnego przez schorowanego Prymasa w dniu 17 IV 1819 roku, który na drugi dzień po tym akcie zmarł. Jak podkreślał badacz tej problematyki prof. Piotr Paweł Gach, w akcie tym uczestniczyli bp sandomierski Szczepan Hołowczyc, oficjał archidiecezji warszawskiej ks. A. Fijałkowski oraz kanonik ks. A. Kotowski, którzy poświadczyli odręcznie nieczytelny podpis Prymasa. Specjalna komisja zw. Deputacją Zniesionych Instytutów Duchownych, którą powołał Potocki, zajęła się wykonaniem Dekretu, nad czym czuwał bp sandomierski Szczepan Hołowczyc jako następca zmarłego Prymasa.

Powodem kasaty nie był zły stan ekonomiczny lub personalny klasztoru, który liczył wówczas 27 zakonników (18 kapłanów, 7 kleryków, 2 braci). Przeciwnie, budynki opactwa podobnie jak gospodarka klasztorna znajdowały się także w dobrej kondycji. Budynki klasztorne pokrywał dach gontowy. Opactwo mieściło w sobie 49 cel mniszych, 4 sale, 16 izb oraz refektarz (dziś zachodnie skrzydło z XVIII w. zajmowane na cele muzealne przez Dyrekcję Świętokrzyskiego Parku Narodowego). Odrębne pomieszczenie mieszkalne zajmował opat, który ponadto posiadał także budynek w Starej Słupi. Do opactwa należał także otoczony ogrodem murowany dom gościnny z 6 izbami jako schronienie dla pielgrzymów i gości klasztoru oraz odrębne wzniesienia mieszkalne i gospodarcze dla służby klasztornej. Jak wymienia z kolei Józef Gacki, do tej klasztornej czeladzi należeli: organista, zakrystian, furtian, kapeliści, snycerz, stolarz, kowal, szklarz, felczer, krawiec, szewc, kucharz, piekarz, murarz i palacze. 

W trakcie początkowej fazy kasaty, która trwała do 15 sierpnia 1819 roku, spisano wszystkie ruchomości, przejęto budynki oraz 20 folwarków. Mimo prób reaktywacji klasztoru jeszcze w I poł. XIX w., powrót benedyktynów nie dokonał się, a w 1828 roku zmarł ostatni opat Jan Nepomucen Niegolewski. Do 1854 roku przebywał w klasztorze ostatni brat zakonny Tomasz Dudziński. W 1853 roku umieszczono w opustoszałym klasztorze Instytut Księży Zdrożnych, a następnie w 1882 roku umieszczono tam więzienie carskie, po 1819 roku więzienie polskie, w czasie II wojny światowej oflag niemiecki dla jeńców sowieckich. Zatrata klasztoru i jego całkowity upadek oraz poniżenie zostały przerwane dopiero w 1936 roku, kiedy do części budynków klasztornych wprowadzili się Ojcowie Misjonarze Oblaci Maryi Niepokalanej. Nowi gospodarze od tego czasu mozolnie odbudowują klasztor oraz przywracają należne mu miejsce wśród najważniejszych miejsc kultowych, pielgrzymkowych, sanktuaryjnych w Polsce, miejsca przechowywania relikwii Drzewa Męki Pańskiej  oraz skarbnicy pamięci i kultury narodowej. 

Zjednoczenie majątkowe, a szczególnie rewindykacja zachodniego skrzydła dawnego klasztoru, budynku zabytkowego z XVIII w.,  nie dokonała się jednak do dziś, a decyzja podjęta w czasach niewoli narodowej z inicjatywy zaborcy i jego wykonawców pozostała w mocy.

Prof. dr hab. Krzysztof Bracha