Niewiele wiadomości dotarło do nas z pierwszych wieków istnienia opactwa na Św. Krzyżu. Kroniki opisują tylko najazd Tatarów w 1259 roku. Był to II najazd na Polskę. Zimą 1259-1260 r. wyruszyli Tatarzy z Chełma przez Lublin i dotarli do Sandomierza. Miasto zdobyli, ludność wymordowali. Niektóre zagony przez Iłżę, Św. Krzyż, Wąchock dotarły do Sulejowa i Chęcin. Nie napotykając na opór Tatarzy skierowali się na Kraków, zrabowali go i spalili. Na początku marca wycofali się na wschód. Klasztor wtedy obrabowano, budynki spłonęły, część zakon¬ników wymordowano. O. Rufin w swej „Historii o Drzewie Krzyża"... wyraź¬nie mówi, że nie wszyscy mnisi zginęli. Późniejsi kronikarze liczbę zamordowanych zakonników powiększyli do 82. Relikwia Krzyża Św. ocalała, prawdopodobnie ukryta została w skałach gołoborza. Zniszczony klasztor został odbudowany przez księcia sandomierskiego Bolesława Wstydliwego przez 1270 rokiem. Tak podali benedyktyni w piśmie do króla Stanisława Augusta10. Przy tej okazji stara¬no się uświetnić konwent świętokrzyski stwierdzeniem, że książę sprowadził nową obsadę z słynnego ośrodka życia zakonnego w Cluny. Oczywiście taka potrzeba sprowadzenia zakonników z Zachodu nie istniała, bo braki w personelu mogli uzu¬pełniać polscy benedyktyni z Sieciechowa.

Druga połowa XIII wieku i cały XIV wiek były dla Św. Krzyża okresem spokoju, pozwalającym na okrzepnięcie konwentu. Czas ten poświęcono na uzupełnienie księgozbioru biblioteki oraz na wzmocnienie podstaw duchowych i materialnych. W XIV wieku pojawia się w dokumentach nowa nazwa opactwa benedyktyńskiego na Łysej Górze: Opactwo Ojców Benedyktynów Świętego Krzyża, później skrócono nazwę Święty Krzyż.