W pierwszych dniach wojny (6.09.1939 r.) niemiecki nalot ciężko rani zaby¬tek świętokrzyski. Jedna bomba rujnuje krużganek przylegający do kościoła, druga - północne skrzydło, dawną aptekę. Wybuch bomby wzniecił też pożar, który księża zdołali ugasić. Zmorą lat okupacyjnych była obawa przed aresztowaniem, które mogło nastą¬pić w każdej chwili i z jakiegokolwiek powodu. Nie miał człowiek pewności czy przeżyje spokojnie dzień, czy uniknie łapanki wracając do domu, czy w nocy nie zostaje aresztowany. Rewizji i aresztowań nie uniknęli Oblaci na Św. Krzyżu. Tuż po Świętach Wielkanocnych (o świcie 3 kwietnia 1940 r.) gestapo otoczyło klasztor, wdarło się do wewnątrz i przeprowadziło gruntowną rewizję. Trzech księży i jednego brata poddano na miejscu badaniom, które połączone były z biciem aż do utraty przytomności. Tych czterech badanych aresztowano i osadzono w więzieniu w Kielcach. O. Jan Finc, po kilku miesiącach pobytu w więzieniu, został rozstrzelany w pobliżu Kielc, pozostałych natomiast zwolniono. Jeszcze dwukrotnie gesta¬po nawiedziło w 1940 r. Św. Krzyż i aresztowało O. Jana Kulawego, O. Pawia Kulawego i O. Jana Pawołka. Wszyscy trzej zginęli w obozie oświęcimskim, natomiast O. Antoni Leszczyk - na Majdanku. Wśród zamęczonych znalazł się wielce zasłużony dla Polonii Kanadyjskiej, jak również dla Św. Krzyża O. Jan Kulawy, Ponieważ pochodził ze Śląska - Niemcy nie mogli mu darować patriotycznej postawy w czasie plebiscytu śląskiego jesienią 1941 roku hitlerowcy urządzili w budynkach klasztornych zajmowanych poprzednio przez więzienie, obóz zagłady dla jeńców radzieckich. O warunkach jakie tu panowały świadczyły ostrzegawcze napisy umieszczone na ścianach l korytarzy: ludożerstwo będzie karane rozstrzelaniem. Przeciętny stan obozu wyno-i sił około 2 tyś. osób. Kilka razy go uzupełniano. Wykańczano jeńców głodem! i chorobami zakaźnymi. Obóz jeniecki na Św. Krzyżu był z góry przeznaczony na wyniszczenie. Nie utworzono tu samorządu jenieckiego, nie sporządzono ewiden¬cji, tylko zadowalano się stanem liczebnym. Zdarzały się ucieczki, ale nie były one częste. Na to by uciekać trzeba było mieć trochę kondycji, a to były cienie ludzi. Obóz zlikwidowano w II połowie 1942 roku, Trwałym dowodem zbrodni niemiec¬kich są mogiły na polanie Bielnik, gdzie spoczywa około sześciu tysięcy jeńców. W ostatniej fazie wojny front zatrzymał się parę miesięcy prawie u podnóża Łysej Góry, co stało się powodem dodatkowego zniszczenia budynków klasztornych. Warunki bytowe na Św. Krzyżu w czasie wojny były bardzo trudne. Klasztor nie posiadał ani skrawka pola, a przy kościele nie było i nie ma parafii. Zakonnicy żyli tylko z jałmużny litościwych ludzi. Młodzi księża pracowali w lesie jako drwale. Wreszcie rozproszyli się szukając schronienia i pracy u życzliwych księży proboszczów. Na miejscu pozostał O. Prowincjał Wilkowski i kilku braci. Mimo tych trudności i zagrożeń, Oblaci nie opuścili Św. Krzyża. Jako jedyni mieszkańcy na tym leśnym odludziu chronili zabytek przed rabunkiem i kompletną dewastacją.