Zabudowania klasztorne wzniesione na grzbiecie nieco niższej kulminacji Łyśca vel Łysej Góry, według planu typowego dla klasztorów średniowiecznych. Zabudowania mieszkalne wraz z kościołem tworzą czworobok, a więc budowle zamkniętą. Stąd pochodzi nazwa „klasztor" od łacińskiego słowa „claustrum" - zamkniecie.

Anomalią w układzie zabudowań świętokrzyskich jest to, że kościół usytuowano po południowej stronie czworoboku, bowiem w krajach północnych kościół umieszczano od północy, aby osłaniał od zimnych wichrów.

Na zmianę zwyczaju wpłynęła konfiguracja terenu. Przy budowaniu klasztoru na Łysej Górze liczono się też ze szczupłością miejsca. Wzniesiono więc klasztor niewielki, skupiony przy kościele. Z czasem, gdy wzrastała liczba zakonników i powiększał się napływ pątników, schodzono z fundamentami na zbocze (XV wiek), a później po zniwelowaniu terenu dobudowano w siedemnastym wieku nowe skrzydła, które dodatkowo utworzyły podkowę otwartą ku południowi.