Benedyktyni zostali zaskoczeni niezwykłym przebiegiem wojny ze Szwedami. Dzielnica za dzielnicą poddawały się najeźdźcom prawie bez walki, tak że w krótkim czasie wojska szwedzkie opanowały cały kraj. W takiej sytuacji nie można było wywieźć skarbca zakonnego za granicę. Czas naglił, bo jawne grabieże mienia kościelnego nie dawały gwarancji spokojnego zachowania relikwii i wotywnych darów. Kapituła zakonna wyznaczyła trzech kapłanów, aby oni w tajemnicy ukryli skarbiec, a sami uszli za granicę.

Już w 1655 roku na Św. Krzyżu zjawili się Szwedzi i Rakoczanie. Kościół i klasztor złupili. Ciała panów w grobach obnażyli, folwarki i wsie spustoszyli. Na domiar złego w klasztorze z rozkazu pułkownika Wirtza pozostała załoga woj¬skowa z zadaniem odszukania skarbu. Z relacji O. Kwiatkiewicza (s. 87) wiemy, iż poddano torturom trzech zakonników. Ojcu Adrianowi Dobrskiemu z rąk skórę zdarli, obręcz dębową na głowę wtłoczyli i pobijali klinami oraz ogniem palili. O. Teofila Kaczanowskiego w pół przecięto, a bratu Jackowi Piotrkowskiemu głowę na pół rozłupano. Szwedzi opuścili klasztor dopiero po trzech latach. Jeszcze raz wojska szwedzkie zjawiły się na Św. Krzyżu za czasów Augusta Mocnego w 1704 roku. Rotmistrz fiński Bronoff przybył tu, aby zagarnąć skarbiec. Gdy jego poszu¬kiwania nie powiodły się, sam generał Meydel stanął pod Łysą Górą. Osobiście z kilkuset jazdy przyjechał na Św. Krzyż, ale i on nic nie uzyskał, bo kosztowno¬ści wcześniej wywieziono za granicę. Zjawił się też generał Resseltt (Gacki podaje, że to był Rehnschioeld) ze swoim wojskiem. Wiele wtedy spustoszenia porobił, zwłaszcza w kaplicy Św. Krzyża, poszukując ukrytych skarbów. Skończyło się na tym, że wziął do niewoli kilku zakonników i kilka niedziel o głodzie ich trzymał. (Jabłoński s. 92).