Po wojnach napoleońskich zaprowadzono nowy lad w Europie. Z mocno okro¬jonych ziem polskich utworzono tzw. Królestwo Kongresowe. W ślad za tym sta¬rano się uporządkować na terenie Królestwa administracje kościelną. Utworzono wtedy dwie nowe diecezje: sandomierską i podlaską, a biskupstwo warszawskie podniesiono do rangi metropolii. Rząd Królestwa Kongresowego uzyskał pozwo¬lenie Stolicy Apostolskiej na uposażenie nowych diecezji majątkami niektórych klasztorów i kolegiat. Wykonawcą dekretu papieskiego mianowany został arcybi¬skup warszawski. Minister Stanisław Potocki skorzystał z tej okazji i na śmiertelnie chorym arcybiskupie Malczewskim wymóg całkowite zniesienie 47 klaszto¬rów. Było to nadużyciem uprawnień.

Podjęta na duża skalę, zrodzona ze swoiście barbarzyńskiej mentalności wład¬ców i ludzi wieku oświecenia, dyktowana przez interesy polityczne zaborcy oraz prywatne interesy ludzi chętnych do pomnożenia swego majątku cudzym kosztem, kasata zakonów w Królestwie Polskim położyła kres istnieniu tak wielu klasz¬torów. Zakonników rozpędzono, dobra skonfiskowano. Klęska ta dotknęła rów¬nież benedyktyńskie opactwo Świętego Krzyża. Dnia 1.06.1819 roku, delegowa¬ni komisarze przybyli na Święty Krzyż i odczytali dekret kasacyjny. Sporządzony protokół podpisali opat Niegolewski i obecni zakonnicy.

Skarbiec klasztorny, najcenniejsze szaty liturgiczne, a także, biblioteka prze¬kazane być miały do Warszawy. Instrumenty fizyczne i matematyczne oraz zbiory do historii naturalnej polecono oddać benedyktynom pułtuskim. W rok później, tj. 16.06.1820 r. odbyła się ewakuacja konwentu. Relikwie Krzyża Świętego przenie¬siono do kościoła w Słupi Nowej. W czasie likwidacji klasztoru urządzono licyta¬cję ruchomości. Sprzedano wszystko, co się dało spieniężyć, łącznie z wyposażeniem apteki. W chwili kasacji klasztor liczył 27 zakonników: 18 kapłanów, 7 kle¬ryków i 2 braci. Obsługiwali oni pątników na miejscu i prowadzili cztery parafie: Wąwolnicę w Lubelskiem, Koniemłoty w Krakowskiem, Słupię Nową i Wierzbnik (Starachowice). Prowadzili też szkołę wydziałową i szpital w Nowej Słupi oraz aptekę na miejscu. W obrębie klasztoru znajdowało się 49 cel, cztery sale i szesnaście izb. Cały gmach był w najlepszym stanie. Dachy wprawdzie miał gontowe, lecz świeżo pokryte. Przy wyjściu z klasztoru przez ogród, na prawo, stał budy¬nek murowany, zwany domem gościnnym, który obejmował obszerną sień i sześć izb. Na końcu ogrodu znajdowały się budynki służby klasztornej i pomieszczenia gospodarcze. Domostw za murami nie było prócz jednej karczemki.

Po siedmiuset latach nieprzerwanej działalności świętokrzyskie opactwo przestało istnieć. Rozproszeniu uległy nagromadzone przez wieki kodeksy i książki, cenne dzieła sztuki, zabytki kultury i pamiątki narodowe.