Pod koniec XVII wieku konwent świętokrzyski stoczył zwycięski bój o wolny wybór opata. W średniowieczu, a nawet w czasach nowożytnych cesarzowie i królowie przywłaszczali sobie prawo naznaczania przełożonego klasztoru tzw. opata. Często kandydaci monarchów byli ludźmi świeckimi, których w ten sposób wynagradzano dochodami z uposażeń klasztornych. Zdarzało się, że opaci komendatoryjni (narzuceni) zagarniali dochody z beneficjum, krzywdząc zakonników i klasztor. Wynikały z tego powodu spory, a nawet procesy między opatem a konwentem. Życie zakonne mocno na tym cierpiało. Na szczęście w opactwie świętokrzyskim sprawy układały się pomyślniej. Dochody opata nie były zbyt wielkie, dlatego nie ubiegali się o to opactwo ludzie świeccy. Na stanowisko opata proponowali królowie duchownych, zwłaszcza swoich osobistych sekretarzy. Zaakceptowany przez zakonników kandydat, przeważnie po odbyciu rocznego nowicjatu, obejmował urząd. Zazwyczaj narzuceni opaci godnie sprawowali swe obowiązki, byli nawet wśród nich i świątobliwi, i dbający o wysoki poziom życia zakonnego, jak np. Sierakowski. Ale zdarzało się, że niektórzy prowadzili życie na wzór wielkich magnatów. Uciążliwy i szkodliwy zwyczaj postanowiono zmienić. W 1689 roku konwent świętokrzyski skorzystał z przysługują¬cego mu prawa wolnego wyboru i nie przyjął Aleksandra Wychowskiego desygno¬wanego przez króla Jana III na opata. Mimo nalegań prymasa i biskupa krakowskiego, aby podporządkowali się woli monarchy, zakonnicy opowiedzieli się za Krystynem Mireckim, miejscowym profosem. Sprawa oparła się o Rzym. Papież potwierdził wybór Mireckiego na opata. Kiedy nominat królewski zajął przemocą opactwo i beneficjum, rzekomy przełożony wraz z klasztorem został ekskomunikowany. Pod presją papieża Wychowski ustąpił z opactwa w 1706 roku. Mirecki objął urząd w bardzo trudnych latach. W czasie wojny domowej wojska zrujnowały klasztor, spustoszyły dobra zakonne. Liczba zakonników tak zmalała, że myślano o przekazaniu klasztoru innemu zakonowi. W tych warunkach opat zwrócił uwagę na zwiększenie konwentu i spotęgowanie życia zakonnego. Smutne doświadczenie przy obejmowaniu urzędu opata skłoniło Mireckiego do usilnego starania o utworzenie kongregacji benedyktyńskiej w Polsce, aby w ten sposób uniemożliwić ingerencję czynników postronnych w wyborze opata i w wewnętrzne życie klasztoru. Z zasady każde opactwo stanowiło samodzielną i niezależną społeczność. Jedynie stolica apostolska, albo biskup diecezjalny jako jej delegat, mieli wgląd w życie klasztoru. W późniejszych wiekach Kościół, dla podniesienia poziomu życia zakonnego, łączył odosobnione opactwa w pewne zrzeszenia, tzw. kongregacje, aby się wzajemnie wspierały i czuwały nad sobą. Papież Benedykt XII w 1336 roku ustanowił dla benedyktynów w Polsce „prowincję gnieźnieńską". Z czasem organizacja ta poszła w zapomnienie. Sprawa na nowo odżyła pod koniec XVII wieku. W wyniku zabiegów opata świętokrzyskiego Stanisława Mireckiego papież Klemens XI ustanowił w 1709 roku Kongregacje Benedyktyńską Świętego Krzyża. Do kongregacji należało dziewięć opactw: Święty Krzyż, Tyniec, Lubin, Mogilno, Płock, Sieciechów, Troki, Horodyszcze14, Nieśwież. Na czele kongrega¬cji stał opat prezydent. Miał on prawo wizytowania wszystkich klasztorów oraz przewodniczenia w wyborach nowego opata i zatwierdzania obranego. Wskutek rozbioru Polski po roku 1772 od kongregacji odpadł Tyniec, a w roku 1795 kongregacja przestała istnieć.