Zaledwie skończyła się wojna, a już rozpoczęły się prace przy odbudowie zabytku. Zabrano się najpierw do remontu dachów mocno uszkodzonych działaniami wojennymi. Naprawę dachu na części powięziennej prowadził Wydział Budowlany Województwa Kieleckiego. Natomiast o dachy kościelne zatroszczył się ówczesny przełożony O. Franciszek Wilhelm Kobusz, były dziekan kapelanów wojsk Berlinga. Naprawa i odbudowa dachu były bardzo pilne, bo niemiecka bomba zburzyła w 1939 roku całkowicie krużganek przy kościele i mocno uszkodziła sąsiednie dachy. W czasie deszczu woda strumieniami ściekała po północnej ścianie kościoła i zakrystii. W pracy tej Wojewódzki Wydział Kultury i Sztuki pospieszył ze skromną pomocą, bo sam nie wiele miał. Przed zimą zdołano odbudować dachy. W następnym roku, tj. 1946, zrekonstruowano gotyckie sklepienie w krużgankach i zabezpieczono przed dalszym zniszczeniem północny ryzalit, czyli dawną aptekę.
Zaraz po wojnie brakowało materiałów budowlanych, a transport stwarzał przeszkody nie do pokonania. Za zgodą odnośnych władz potrzebny materiał uzyskiwano z rozbiórki budynków gospodarczych, powięziennych, które nie przedstawiały wartości zabytkowej i stały bezużyteczne. Fundusze czerpano z ofiar składa¬nych przez wiernych przy okazji rekolekcji i misji głoszonych przez Oblatów świętokrzyskich. Za zgodą konserwatora połączono w jedną całość starą gotycką część klasztoru, usuwając przegrody postawione przez więzienie.
Odbudowa Św. Krzyża pod koniec lat czterdziestych i w I połowie lat pięćdziesiątych nie posuwała się naprzód, ponieważ warunki polityczne nie sprzyjały, a zwłaszcza brak było oficjalnego rozgraniczenia, która część budynku dawnego opactwa będzie należała do kościoła, a która do państwa i które ministerstwo weźmie ją w posiadanie. Mimo to klasztor przeprowadził remont wiązań dachowych na kaplicy Oleśnickich i pokrył kopule blachą miedzianą w 1952 roku. Tak jak w czasie wojny nadal Oblaci czuwali nad całością budynku dawnego opactwa i bronili przed dewastacją. Wreszcie po paru latach niepewności zadecydowano i urzędowo, że starsze części budynku będą należały do Kościoła, a nowszą z XVII wieku przejmie Ministerstwo Leśnictwa.
Ruszyła odbudowa. Leśnictwo poruczyło PKZ w Kielcach przeprowadzenie |. kapitalnego remontu, a klasztor w 1954 roku, przekazał Pracowni Konserwacji Zabytków w Warszawie odnowienie obrazów Smuglewicza. W następnym roku (1955) przeprowadzono remont dzwonnicy. W 1956 roku Konstanty i Stanisław Tuinowie rozpoczęli konserwację malatury w kaplicy Oleśnickich.

Na okres rządów O. Superiora Jana Geneji przypadło 950-lecie domniemanego założenia klasztoru. Jubileusz ten obchodzono 7 lipca 1957 roku. Uroczystość zaszczycił ks. Prymas kardynał Stefan Wyszyński w asyście ks. arcybiskupa Antoniego Baraniaka oraz biskupów: Kaczmarka i Lorka.
Odbudowa zabytku kościelnego nie ustaje. W 1961 roku otynkowano północną ścianę budynku mieszkalnego, a w 1963 roku nastąpił remont XV-wiecznej bramy kościelnej. W drugiej połowie lat sześćdziesiątych intensywnie zajął się odbudową O. Kazimierz Tyć OMI. W 1967 r. przeprowadził przebudowę wirydarza. Obniżono poziom do dawnej wysokości, zrobiono kanały odpływowe od rynien do dawnego zbiornika pośrodku wirydarza, a sam zbiornik wyremontowano. W dalszej kolejności podjęto kapitalny remont krużganków. Mgr Zygmunt: Pyzik z Kielc przeprowadził badania archeologiczne, nastąpiła rekonstrukcja! gotyckich okien i ponowne tynkowanie ścian. Konserwatorzy, Marian Paciorek i Ireneusz Płuska, dokonali konserwacji malowideł ściennych oraz krat zamykających kaplicę Oleśnickich. Posadzkę marmurową w krużgankach zafundował konserwator z Kielc. Prace te przeprowadzono w latach 1964-1975.

Wiele wysiłku kosztowała odbudowa dawnej apteki i nowicjatu zbombardo¬wanego przez Niemców. Prace rozpoczęto w 1969 r. Zakończenie odbudowy północnego skrzydła i uroczyste otwarcie zbiegły się ze zjazdem prowincjałów oblackich rejonu europejskiego w 1974 roku. W tej odbudowanej części odbyły się kilkudniowe obrady.

W dalszym ciągu nie ustawała praca nad doprowadzeniem zabytku święto¬krzyskiego do dawnej świetności. W 1976 r. odnowiono chór organowy i przepro¬wadzono konserwację malowideł w kaplicy Oleśnickich. Zabieg ten był konieczny, ponieważ nastąpiło rozwarstwienie tynków. Rozpoczęto w 1979 r. ponowną konserwację obrazów Smuglewicza w kościele. Prace potrwają lata. Bo co roku odnawia się tylko jeden obraz. PKZ w Kielcach przystąpiły do remontu zachodniego frontu kościoła w 1981 roku, a ukończyły w 1985 roku.

Zajęto się także zakrystią. Od lat trwa odnawianie umeblowania. Zakłada się nową intarsję. Żmudną tę pracę wykonują miejscowi zakonnicy. Konserwatorzy „Paciorek i Ska" odnowili w 1983 roku polichromię zakrystii i pozłocili relikwiarze. W ostatnich latach kościół pokryto miedzianą blachą, a północne skrzydło otynkowano i zamontowano ościeża z piaskowca. Pracy starczy jeszcze na wiele lat..

To wszystko można było wykonać dzięki pomocy finansowej Konserwatora Wojewódzkiego, a przede wszystkim wydatnej pomocy zarządu Polskiej Prowincji Oblatów oraz ofiarom pieniężnym składanym przez turystów. Wspólnota klaszto¬ru świętokrzyskiego nie szczędziła też wysiłku, a nawet pracy fizycznej, przez całe pięćdziesiąt lat odbudowy.

Klasztor świętokrzyski w ciągu swej tysiącletniej historii był świadkiem radosnych chwil naszego narodu. Każde zwycięstwo oręża polskiego odbijało się tutaj wdzięcznym echem dziękczynnych modłów i cennych wotów. Każda też klęska narodowa była tutaj znaczona łuną pożarów, zniszczeniem budynków klasztor¬nych, a nawet śmiercią zakonników i profanowaniem świętego miejsca. Święty Krzyż odzwierciedla dzieje Polski.
W dniu 9 kwietnia 2004 roku Biskup Sandomierski Andrzej Dzięga erygował Drogę Krzyżową prowadzącą z Nowej Słupi (Drogą Królewską) na Święty Krzyż.